台灣省光復後，依據台灣省行政長官公署財政廳頒布「台灣省各縣市稅捐稽徵所組織規程規定」，於民國35年3月成立「澎湖縣稅捐稽徵所」，掌理稅捐稽徵業務，受省府財政廳指揮監督及縣府財政科指導，是為本局之前身，同年12月擴編為「澎湖縣稅捐稽徵處」，仍隸屬於澎湖縣政府。民國38年因澎湖地理環境特殊，工商業發展緩慢，稅源有限，為緊縮機構，節省經費，乃將稅捐稽徵處撤銷，業務歸併縣府財政科。嗣奉台灣省政府令於民國52年7月1日脫離縣府財政科，於本局現址掛牌運作，正式成立。

       本局於民國52年7月1日成立之初，設2課2室，編制員額為37人。民國56年7月，為應地方繁榮建設需要，組織架構擴編為4課6室，編制員額為80人。旋因貫徹政府人事精簡政策，迭經民國63年、66年及67年數度修編緊縮員額，殆至民國68年7月修正編制員額為79人。民國81年9月1日起，中央政府將委由台灣省政府代徵之國稅業務悉數收回，並在台灣省分設北、中、南三區國稅局辦理國稅稽徵業務，自此，原由本局統一代徵之營利事業所得稅等5個國稅稽徵業務，乃移撥財政部台灣省南區國稅局澎湖縣分局辦理，相關業務人員19人亦隨業務移撥，本局配合辦理組織修編，設5課4室，編制員額調整為60人。精省後本局改隸澎湖縣政府，並於89年1月依據澎湖縣政府組織自治條例第8條第1項規定，訂定本局組織規程及編制表，設4課4室，並增置副處長1人，編制員額為61人。92年1月1日營業稅改歸國稅局，奉令將營業稅業務及相關人員10人移撥台灣省南區國稅局澎湖縣分局，本局並配合辦理組織修編，設3課4室，編制員額為51人，主要業務職掌為土地增值稅、地價稅，房屋稅、契稅、使用牌照稅、娛樂稅、印花稅等7個稅目之地方稅稽徵業務。民國96年7月1日為使本局與縣府之隸屬關係更加明確，將機關全銜增列政府2字為「澎湖縣政府稅捐稽徵處」。民國100年7月1日為配合地方制度法及澎湖縣政府組織自治條例修正，將機關全銜更名為「澎湖縣政府稅務局」，並調整組織架構為5科3室，編制員額減少12人，為39人。

       本局自民國52年7月1日成立迄今，歷經蔣文雄、胡匡瑞、駱萬富、張明度、邢公儀、許全福、陳毓雋、盧義、羅士熹、李久德、黃顯明、江兆國、王乾發、鄭啟右、曾慧香等15位處（局）長，本局業務在歷任處（局）長的領導及澎湖縣政府之督導下，迭有進步，其執行績效頗受上級肯定。

       本局抱持「公平徵課，服務為先」之信念，對於國家所賦予課稅之天職，除依法公平徵課，以挹注縣庫需求外，並強調為民服務，以婉轉和悅的態度為民眾解答各項稅務疑難。此外，更組成租稅宣導隊伍，適時走入村里、學校與軍中，闡述各項租稅常識，期使民眾皆能心悅誠服納稅，確收協助稽徵疏解訟源之效果。