本局目前受理檢舉之稅目有印花稅、房屋稅、契稅、地價稅、土地增值稅、使用牌照稅及娛樂稅。
1.檢舉違章逃漏稅案件，依財政部頒定「各級稽徵機關處理違章漏稅及檢舉案件作業要點」第13點規定，檢舉內容應載明事項如下：
   (1)檢舉人姓名及地址。
   (2)被檢舉者姓名及地址，如係公司或商號，其名稱、負責人姓名及營業地址。
   (3)所檢舉違章漏稅之事實及可供偵查之具體事證。
    如有欠缺者，經通知限期補正或提供新事證，逾期未提供者，稽徵機關即行簽報不受理。另第16點規定，依據網路、報章雜誌、政府公報、廣播電視或其他一般民眾皆可取得之各項公開資訊提出檢舉者，稽徵機關應通知檢舉人限期補正或提供新事證，逾期不提供者，得免議存查。

2.匿名案件(未具名或未具真實姓名及地址或僅具姓名而無地址或僅具地址而無真實姓名者屬之)或檢舉內容無具體事證者，依財政部頒定「各級稽徵機關處理違章漏稅及檢舉案件作業要點」第14點規定，不予調查處理。

※冒用他人名義提出檢舉之行為，恐觸犯刑法第210條偽照文書罪(屬非告訴乃論罪)，請勿以身試法。
※檢舉案件請逕寄本局地址：澎湖縣馬公市治平路17號，或以電話檢舉，本局檢舉逃漏稅專線電話: 06-9274002
※屬上開稅目但非屬澎湖縣內之逃漏稅案件，為掌握時效，請向其他管轄稅捐稽徵機關檢舉。另有關漏開發票、未辦理營業登記、逃漏租賃所得、贈與稅…等，請向各地國稅局舉發。